国务院于2013年6月成立了第一次全国地理国情普查领导小组，由国务院副总理张高丽担任组长，国土资源部部长姜大明、国务院副秘书长丁向阳、国家统计局局长马建堂、国家测绘地理信息局局长徐德明担任副组长。领导小组负责第一次全国地理国情普查工作的组织和领导，研究决定地理国情普查的重大事项，制定地理国情普查有关政策，协调解决重大问题。领导小组办公室设在国家测绘地理信息局，徐德明在担任领导小组副组长的同时兼任领导小组办公室主任。
领导小组成员单位涉及中宣部、外交部、发改委、工信部、住建部、国家审计署、国家林业局、国家海洋局等多个部门，此次对外发布的成员单位职责分工对各部门承担的职责进行了明确。以下为各成员单位的具体职责分工：
测绘地信局履行领导小组办公室职责，承担领导小组的日常工作，具体负责普查工作的业务指导与监督检查，负责地理国情普查的日常工作，全面负责地理国情普查的技术工作，负责地理国情普查成果的共享利用与分发服务工作。
中宣部负责指导地理国情普查宣传工作，会同领导小组办公室制定普查宣传工作方案，组织协调新闻媒体做好有关宣传报道。
外交部负责地理国情普查所需陆地边界和界标、领海基线和基点等基础资料的协调保障工作。
发展和改革委员会负责协调地理国情普查方案与国民经济社会发展总体规划、区域规划及有关专项规划的衔接工作，负责主体功能区规划和区域规划基础资料的协调工作。
工业和信息化部负责地理国情普查所需公用通信网局房设施位置和属性、各地方移动通信基站数量、光纤光缆长度等相关资料的协调保障工作。
公安部负责地理国情普查所需全国人口信息等资料的协调保障工作。
民政部负责地理国情普查所需行政区划、行政区域界线(乡镇、行政村、代码截止2012年)及界桩、重要自然地理实体、地名等基础资料以及社会福利机构信息等资料的协调保障工作。
财政部负责中央负担的地理国情普查经费的保障落实和资金使用的监督管理。
人力资源和社会保障部负责协调指导地理国情普查项目表彰工作。
国土资源部负责地理国情普查所需第二次全国土地调查成果、全国土地变更调查监测与核查成果、地质调查、地质灾害分布、地质公园信息等资料的协调保障工作。
环境保护部负责地理国情普查所需生态保护规划、全国污染源普查及动态更新调查成果以及自然保护区分布、生态功能区分布和环保统计年报等资料的协调保障工作。
住房和城乡建设部负责地理国情普查所需全国城镇体系规划、城市总体规划、省域城镇体系规划、全国重点镇名录、城市、镇、乡、村庄建成区和规划区范围，城市市政公用设施、全国风景名胜区、世界自然遗产、世界自然与文化双重遗产等基础资料的协调保障工作。
交通运输部负责地理国情普查所需第二次全国公路普查、第三次全国港口普查成果以及公路、水路和铁路等交通设施基础资料的协调保障工作。
水利部负责地理国情普查所需第一次全国水利普查资料的协调保障工作。
农业部负责地理国情普查所需农业资源区划等基础资料的协调保障工作。
审计署负责地理国情普查项目资金的审计监督工作。
统计局负责地理国情普查所需社会经济统计资料、第二次全国农业普查、第三次全国经济普查、第六次全国人口普查等成果的协调保障工作，指导地理国情普查方案的制定，协助普查统计工作。
林业局负责地理国情普查所需第二次全国湿地资源调查、第八次全国森林资源清查、第四次全国荒漠化监测成果以及林业系统五种类型自然保护区、植物园(树木园)、森林公园、国有林场等基础资料的协调保障工作。
旅游局负责地理国情普查所需旅游资源基础资料的协调保障工作。
地震局负责地理国情普查所需陆态网观测成果、全国地震烈度区划图或地震动参数区划图、地震重点监视防御区、中国主要地震活动断裂分布图、地震信息等资料的协调保障工作。
能源局负责地理国情普查所需能源(包括电力)设施基础资料的协调保障工作。
海洋局负责地理国情普查所需海岸线、沿海省际间海域界线资料、陆地海岸带以外无居民海岛地名、领海基点等基础资料协调保障工作。
民航局负责地理国情普查所需全国范围内通用机场、运输基础等基础资料的协调保障工作。
文物局负责地理国情普查所需第三次全国文物普查成果以及世界文化遗产、全国重点文物保护单位等基础资料的协调保障工作。
总参测绘导航局负责军事管理区和军事禁区内地理国情普查的组织管理工作。
武警部队按照用兵规定，协助配合做好地理国情普查安全保障工作。
领导小组在通知中表示，第一次全国地理国情普查将按照“全国统一领导、部门分工协作、地方分级负责、各方共同参与”的原则，请各部门按照各自职责分工，各司其职、各负其责、通力协作、密切配合，指导和督促地方各级人民政府相关部门做好地理国情普查的协助和配合工作，并及时提供地理国情普查所需各部门基础资料。国家测绘地理信息局要建立地理国情普查成果共享机制，满足有关部门的共享利用的需要。
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